>カイカイ様
コメントありがとうございます。
ご質問の内容ですが、それで良いと思います。
if(in_category('6')) {
include(TEMPLATEPATH . '/single-6.php');
} elseif(in_category('9')) {
include(TEMPLATEPATH . '/single-9.php');
} else {
include(TEMPLATEPATH . '/single-base.php');
}
こんな感じになります。